В 1241-му році повз Житомир пройшло монголо-татарське військо. По одній з версій, городище на Замковій горі монголи не торкнули, за іншою версією - зруйнували. У ті часи Житомир, видимо, ще не називався Житомиром, оскільки перші офіційні, а не легендарні письмові згадування назви нашого міста відносяться до XIV століття. Більше ймовірною виглядає перша версія. Місцеві жителі начебто б скорилися монголам без бою, сплатили контрибуцію й пообіцяли платити данину. Війська Батия рушили на Захід. У цей час у Прикарпаття князь Данило Галицький розбив військо одного з полководців Батия - Куремси. Зібравши значну військову силу, Данило потім рушив з боями в наші місця й щоб помститися за допомогу монголам спалив ущент Житомир і його околиці. По легенді, облогою Житомира тоді командував хтось Роберт Локслі - англієць, правнук знаменитого Робін Гуда, що служив Данилу Галицькому. За другою версією, поселення на Замковій горі вирішило не здаватися монголам і зробило загарбникам досить солідний опір. Нібито штурмом городища командував сам Батий. Облога тривала три дні, після чого місто було взято приступом, а його жителі перебиті. Останніх, швидше за все, у той час проживало як у городищі, так й у посаді, приблизно не більше трьох тисяч чоловік. Як би там не було, а поселення на Замковій горі, а також на Соколовій горі й у Зарічанах, перестають існувати. Місто занепадає й не функціонує майже півтора сторіччя. І тільки в XIV столітті знов-таки на Замковій горі, на залишках спаленого старого городища, починається будівництво нового дерев'яного замка. Житомир входить до складу вже не Київської Русі, а Великого Князівства Литовського й не платить данина Золотій Орді. З XV Століття Житомир - середнє по величині місто , що входить до складу Київського воєводства з великокнязівським правовим статусом.
Саме в 80-х роках минулого сторіччя перед дослідниками постало питання: з якого часу починати відлік історії Житомира - з IX століття, або з більш пізнього часу? В 1982-1983-му роках експедиція Житомирського обласного краєзнавчого музею під керівництвом І. Ярмошика провела розкопки в історичній частині Житомира - на Замковій горі.
Дослідження носили характер розвідки. У різних частинах Замкової гори були закладені шість шурфів. Пошуки виявили значну кількість матеріалу різного часу, в основному - залишки глиняного посуду. Картографія місць знахідок древлянського періоду визначила, що поселення саме по собі було невеликим: укріплена його частина, тобто городище, перебувала на місці нинішнього будинку партійного архіву й не виходило за межі нинішніх вулиць Замкової й Рильського. Але ніяких залишків житло-господарських комплексів виявлено не було - можливо, через більш пізню господарську діяльність людей, що зруйнувала попередній археологічний шар, а може бути, городище на Замковій горі просто представляло із себе обнесений частоколом хутір з декількох хаток. Подібна розвідка в інших частинах міста не дала результатів взагалі. І інших пам'яток древлянської епохи, крім поселення на Замковій горі (IX століття), на території міста виявлено не було.
Зате виявилися археологічні знахідки вже часів Київської Русі (XI-XIII століття), головним чином - кераміка. Виявлено вони були при розкопках на схилах Замкової гори. Але матеріалу для впевнених висновків не вистачало, і розкопки продовжилися в 1984-1985-му роках експедицією Житомирського археологічного суспільства й в 1988-1989-м роках - розвідувальним археолого-спелеологічним загоном під керівництвом Олександра Тарабукіна. Роботи не пройшли дарма: були зібрані дані про знахідки часів Київської Русі, на які натикалися не тільки самі археологи, але й робітники під час проведення грабарств у центральній частині міста. Були виявлені місця з добре збереженими культурними нашаруваннями XI-XIII століть: у районі на схід від краєзнавчого музею, у районі й околицях «Крестовоздвиженской «церкви, а також на Подільській й Охримовій горах. Здебільшого - це осколки кераміки, глиняних горщиків і кришок від них, а ще - глиняні прясла й точильні бруски. Вистачало й залізних виробів: уламки ножів, цвяхи, наконечники стріл. А ще в 1958-му році на Замковій горі був знайдений наконечник сулиці (зброя типу важкого списа). Але сама цікава знахідка на Замковій горі виявилася в 1971-м році, коли при ритті траншеї разом із залізними цвяхами незвичайної форми був знайдений перстень-печатка зі свинцю, що належав дружинникові київського князя Костянтина Всеволодовича. Датовано він приблизно 1205-1208-м роками.