В 1241-му році повз Житомир пройшло монголо-татарське військо. По одній з версій, городище на Замковій горі монголи не торкнули, за іншою версією - зруйнували. У ті часи Житомир, видимо, ще не називався Житомиром, оскільки перші офіційні, а не легендарні письмові згадування назви нашого міста відносяться до XIV століття. Більше ймовірною виглядає перша версія. Місцеві жителі начебто б скорилися монголам без бою, сплатили контрибуцію й пообіцяли платити данину. Війська Батия рушили на Захід. У цей час у Прикарпаття князь Данило Галицький розбив військо одного з полководців Батия - Куремси. Зібравши значну військову силу, Данило потім рушив з боями в наші місця й щоб помститися за допомогу монголам спалив ущент Житомир і його околиці. По легенді, облогою Житомира тоді командував хтось Роберт Локслі - англієць, правнук знаменитого Робін Гуда, що служив Данилу Галицькому. За другою версією, поселення на Замковій горі вирішило не здаватися монголам і зробило загарбникам досить солідний опір. Нібито штурмом городища командував сам Батий. Облога тривала три дні, після чого місто було взято приступом, а його жителі перебиті. Останніх, швидше за все, у той час проживало як у городищі, так й у посаді, приблизно не більше трьох тисяч чоловік. Як би там не було, а поселення на Замковій горі, а також на Соколовій горі й у Зарічанах, перестають існувати. Місто занепадає й не функціонує майже півтора сторіччя. І тільки в XIV столітті знов-таки на Замковій горі, на залишках спаленого старого городища, починається будівництво нового дерев'яного замка. Житомир входить до складу вже не Київської Русі, а Великого Князівства Литовського й не платить данина Золотій Орді. З XV Століття Житомир - середнє по величині місто , що входить до складу Київського воєводства з великокнязівським правовим статусом.
Офіцер французької армії Наполеона Патрік Сомейль, що пізніше став скромним письменником, автором декількох авантюрних романів, в 1815 році написав досить забавну книжку: "Дерев'яна картеч", строго автобіографічну, що розповідає про його власну участь у війні Наполеона проти Росії. Деякі місця із цієї "автобіографії" викликають питання, оскільки війська Наполеона, як відомо з історії, до Києва не добиралися, рухаючись по території, що перебувала значно північніше. Але докладний опис Сомейлем місць, де він побував, дає підстави стверджувати, що французькі загони доходили навіть до Житомира. От що писав француз:
"Росія в цих місцях здавалася суцільним бездоріжжям. Шукати тут фураж було просто безглуздо. Вісім днів ми рухалися на південь, перетнули з десяток боліт і перебороли незліченну безліч рік і річечок. А лісу на річці, що тутешні люди кличуть Прип'яттю, по повноводдю перевершує Сєну разів у десять. Ескадрон Раваньяка втратив одного драгуна, що потонув на переправі. Ксавьє нервував, квапив. Перед початком експедиції імператор говорив з ним і дав завдання, у суть якого ніхто з нас не був присвячений. Тутешні селяни були досить грубі і їхній говір був малозрозумілим навіть для Павлова, який хоч і народився у Франції, але російську мову не забув... Три дні ми рухалися крізь величезний ліс, що, здавалося, ніколи не скінчиться. "Ще доба, - говорив Раваньяк, - і коні почнуть падати, оскільки голодні." На щастя, наприкінці третього дня ми вийшли на відкрите місце, внизу протікала ріка. На широкому полі кілька селян тягали вже підмокле старе сіно. Ми оточили селян і Павлов запитав у них, що це за місцевість. "Житомирські ми, - була відповідь. - А поле - графа Чарторийського. Наймитуємо на нього." За словами селян, звідси на південному заході всього в п'яти «льє» стоїть велике місто, які вони називають Житомиром. Селяни, мовляв, живуть у місті, на окраїні, і не є кріпаками, а тільки найманими на польові роботи. Ксавьє наказав нагодувати коней і запитав, де взяти вівса. Селяни дуже здивувалися, довідавшись від Павлова, що ми - французи. Один з них сказав, що вівса можна купити в Житомирі, у купця Метлицького. Інший селянин,на ім'я Євлампій, викликався провести нас у місто й Ксавьє подарував йому золотий луїдор... Місто ми побачили тільки надвечір. З гори простирався вид на безліч критих соломою маленьких будиночків, розкиданих у підніжжя декількох пагорбів. А над всім цим піднімався важкий на вид замок, кам'яний, схожий на лицарський. Подібних у нас у Франції майже що й не залишилося. Ксавьє сказав мені й Раваньяку, що тут наші шляхи розходяться. Нам він сказав, що нам варто рухатися на схід, убік Києва й запам'ятовувати всі великі дороги. Вранці, запасшись провіантом, ми відправилися на схід...".
Місія французького ескадрону, про яку згадує Сомейль, судячи з вищесказаного, носила суто розвідувальний характер, але більше у своїй книзі автор ні слова про Житомир не згадує.